Комнины – не русская, а греческая фамилия, потому подчиняется правилам склонения существительных множественного числа мужского рода, а не прилагательных. Т. е. должно быть "принцессой из дома Комнинов". Вот
пример из Википедии (в самом начале статьи ("под именем "Великих Комнинов"").